Gtk+ 3.0 计划中的改变已激起相当多的争议。很多人正极力反对过多的重大改变，理由是这些改变会导致“代码质量问题”，而且也没有带来什么新特性。另外，这些问题还会影响 Gtk+ 的重要使用者，比如那些依赖这个框架的应用程序开发人员。
Havoc Pennington 也怀疑这些改变的有效性，
和其他人一样，我对任何事情也都抱有怀疑态度，“清理代码”或“清除废弃的东西”这样的声明已经不攻自破了……有时，代码清理是很重要的，因为要改正或者理解那些使用中的代码是不太可能的。但是，对于废弃了的 GTK+ 控件并非这样；它们只是静静地“躺在那里”，不会造成什么影响，最糟糕的结果也不过是一些修饰问题。据我所知，它们不会对那些没有使用这些控件的人造成多大的影响。
与此同时， Morten Welinder 也在担心他现有的一些应用程序是否能正常运行，
开发庞大的应用程序是一件费时费力的工作，所以当我编写了部分（希望是）设计优良的代码后，我希望这些代码能保持不变。我不希望未来发布的 GTK+ 废弃了那些我使用的东西，实际上，那会导致我的代码失效。（并且，我真的不希望为同一个任务编写两份不同的代码：一个用于“老”的 GTK+，另外一个用于“新”的 GTK+。）
这些问题不止存在于第三版中。Kristian Rietveld 已经向大家交待过，他们将会引入一些未来3 到4 年的重大改变。
但是，机会总是与磨难并行。在GTK+ API 不断改变的过程中，GTK# API 一直没有打算要大动干戈。正如 Jeffrey Stedfast 指出，Mono 开发人员可以不用理会这些问题，Gtk# 2 的应用程序无需任何改变就可以运行在 Gtk# 3 上。
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