2006 年 9 月 10 日，微软发布了 BizTalk Server 的第 5 个主要版本。 BizTalk Server 2006 R2 基于前一个版本所提供的业务流程管理（BPM）和 SOA/ESB 能力而构建，帮助组织扩展核心的流程管理技术。同时，这一版本还进一步地提供了一些新的功能，如对电子数据交换（EDI）、AS2 和 RFID 的本地支持，与微软 Office 2007 系统和 Windows Vista 的紧密结合，包括诸如 Windows 工作流基础（WF）和 Windows 通信基础（WCF）关键的.NET 框架技术。
InfoQ 对 BizTalk Server 团队的高级产品经理 Steve Sloan 进行了一次访谈，以更好地理解该产品提供的 SOA 增强功能。 Steve 在访谈中谈到：
“扩展互联企业”是发布 BizTalk Server 2006 R2 的主题。目前的现状是业务需要互联系统，不考虑系统的供应商、系统年限或使用的协议。同时，还需要扩展组织外部的业务流程。所涉及的软件都是企业级的。R2 提交了经过验证的企业级软件，具有扩展企业内部和外部核心业务流程的能力。我们极大地提高了对 EDI 的支持。此外，我们添加了 RFID 的设备管理功能，并以简单的方式将 RFID 数据连接到企业的其他系统中。为了让开发者在我们的平台上构建功能，我们添加了一个 WCF 适配器，它增进了对最新 Web Services 标准的支持，同时还能与微软 Office SharePoint Server 协作。
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